Kristillisyys viittaa Merimieskirkon aatteelliseen taustaan ja toiminnan perusmotiiviin. Modernin merimieslähetysaatteen juuret ovat 1800-luvun alun Englannin kirkollisten piirien sosiaalisessa herätyksessä, Saksassa syntyneen sisälähetysajatuksen ja diakonian nousussa kristillissiveelliseksi virtaukseksi 1800-luvun jälkimmäisen puoliskon Suomessa. Sen kanavoimiseksi perustettiin kristillisiä järjestöjä, niiden joukossa 1875 "Föreningen till berendande af själavård för finska sjömän i utländska hamnar" (Suomalaisten merimiesten ulkomaan satamissa sielunhoitoyhtiö), nykyinen Suomen Merimieskirkko. Toiminta laajeni nopeasti suomalaissiirtolaisten pariin ja Suomen satamiin. Merimieskirkko ei luovu juuristaan ja siksi sen toimintaan kuuluu jatkossakin toimipisteiden kutsuminen merimieskirkoiksi, jumalanpalvelus- ja hartauselämä sekä kristillisyyden tunnistettava esilläpito. Ristiankkuri, meri, laiva ja muut merelliset vertauskuvat kuuluvat kristillisyyteen erityisesti Merimieskirkossa.
Diakonisuus viittaa kirkon olemukseen kuuluvaan ajatukseen auttaa pyyteettömästi lähimmäisiä hädän hetkellä. Tämä palveleminen ei riipu kansallisuudesta, uskonnosta, henkilökohtaisista arvoista, kulttuurista, kielestä, sukupuolesta tai etnisestä taustasta. Jumalan kuvaksi luodun ihmisarvo ja arvokkuus, itsekunnioituksen säilymisen tukeminen kuuluu diakoniaan. Diakonisuus määrittää myös toiminnan suuntaamisen ja mahdollisten työmuotovalintojen priorisoinnin.
Ekumeenisuus tarkoittaa kristillisten kirkkojen ja kirkollisten toimijoiden keskinäistä kunnioitusta ja vieraanvaraisuutta sekä hakeutumista yhteiseen työhön, kuitenkin säilyttäen oma identiteetti ja sitoutuneisuus oman kirkon järjestykseen ja perinteeseen. Suomen Merimieskirkko on sitoutunut noudattamaan merimieskirkkojen maailmanjärjestön ICMAn määrittämiä ekumeenisen yhteistyön periaatteita (Code of Conduct). Niin diakonisuus kuin ekumeenisuus merkitsevät myös kansainvälisyyttä.
Yhteisöllisyys kuvaa Merimieskirkon toiminnan pyrkimystä synnyttää ja pitää yllä yhteisöä tilanteissa, joissa on hankalaa tukeutua omiin, saavuttamattomissa oleviin tai vaikeasti käsille saataviin verkostoihin. Lisäksi kyse on Merimieskirkon halusta tuottaa puitteita ihmisten omaehtoiselle kokoontumiselle, toiminnalle ja muulle verkostoitumiselle. Kohtaaminen, vieraanvaraisuus, toiminnallisuus ja vuorovaikutteisuus ovat osa yhteisöllisyyttä.
Läsnäolo tarkoittaa välittämistä, ihmisen huomioimista, kuulemista ja kuuntelemista. Merimieskirkon ominaisuuksia ovat kodikkuus, ystävällisyys, mukana eläminen ja vapaamuotoisuus. Muukalaisuus, kohtaaminen, läsnäolo ja vieraanvaraisuus kuuluvat Merimieskirkon teologiseen itseymmärrykseen.
Avoimuus viittaa toiminnalliseen otteeseen. Ihmiset elävät vuorovaikutussuhteessa toistensa kanssa hyväksyvässä ilmapiirissä. Ihmiset tuntevat voivansa hengittää vapaasti. Sekä ulkoisessa että sisäisessä viestinnässään Merimieskirkko kertoo itsestään, toiminnastaan ja toiminnassaan opitusta.
Dynaaminen Merimieskirkko sopeutuu muuttuvaan toimintaympäristöönsä ja soveltaa toimintatapojaan olosuhdekohtaisesti. Merimieskirkko on halukas kokeilemaan innovatiivisia työtapoja.